商用ドキュメンテーション業界の人なら制作物の新旧PDFを比較する重要性は痛いほどよく解っていることでしょう。些細なミスの見逃しが大きなダメージになることもあるので、より良いアプリを使いたいところです。選択肢はあまりないのだけど。
この用途で最も有名なアプリは何と言ってもAcrobat DC。Adobe純正の万能PDF操作アプリなので私も愛用しています。Adobe Creative Cloudのサブスクリプションを契約していれば追加費用なしに使えるのもいいですよね。
ただし、AcrobatによるPDF比較はうまくいくときもあれば、いかないときもあります。例えばこちらのテストデータ（アイコンのクリックでダウンロードされます）を比較した場合。
結果は下図の通り（画像のクリックで拡大表示されます）。
「Yogata」が「YOGATA」に変化した点は検出しているものの、「TROPICAL PACIFIC」という白文字のフォントが変わった点は見過ごしています。つまり、文字比較は得意でもフォントの違いは比較アルゴリズムに含まれていないのでしょう。
いや、試しに比較の設定で「スキャンした文書、図面、イラスト」を選んでおけばフォントの変化も検出してくれるものの、このテストデータは私がInDesignから書き出したPDF。スキャンはしていません。よって、似たような制作物を作った際ににわざわざこのオプションを選ぼうと思うかは怪しいかと。忙しい最中、何通りものオプションを試すわけにもいかないし。
でも、XORで比較すればこの通り。
XORでは二つのPDFをビジュアル的に比較するので解析漏れによる見落としは起こり得ません。もちろん人が見落せばどうにもならないのだけど。
Acrobatはドキュメント制作者にとって必要不可欠で、とても重宝するアプリですが、比較結果がPDFのデータ構造に左右されない点においてはXORの方が有利です。