XORではPDFのページを重ねて比較し、見つけた変更箇所には手動で囲みのマーキングを、あるいは変更がない箇所にマスクを付けられます。

そしてこの囲みとマスクはアオリ表示でも使えます。

もちろんこの囲みはPDFに書き出した際にも反映されます。